1257年，时任播州土司的杨文创建海龙囤(在杨氏自述里称龙岩囤)。《杨文神道碑》中记道：“宝祐五年(1257)，随蒙军出大理，一路向东听进，播州告急，杨文驰奏，上令节度使吕文德入播，与杨文会，约‘置一城以为播州根本，于是(筑)龙岩新城’。”龙岩新城即龙岩囤、海龙屯(囤)。明万历年间，杨应龙主播时重新修葺海龙囤，进一步加固城墙，并筑屯前九关，意欲使之成为“子孙万代之基”。

　　1599年，一场战火引向了海龙囤，杨应龙与朝廷正式开战。次年农历2月12日，总督李化龙在重庆登坛誓师，率部众24万人兵分八路进军播州，农历4月16日，杨应龙带领1万余残兵退守海龙囤，农历6月16日，囤破人亡。这场贵州境内历史上规模最大和伤亡人数最多的战役也耗尽了明王朝的气数，盛极一时的播州杨氏土司退出历史舞台，成为一段鲜为人知的往事。

　　1980年，海龙囤重新被发现。1999年秋，贵州省文化厅文物处组建联合考察队，对“新王宫”和“老王宫”遗址进行小规模试掘，并对各关隘进行测绘。同年，对“龙虎大道”和“三十六步”进行清理，并对后者予以修复。这是海龙囤历史上的第一次考古试掘活动。考察组初步认定“老王宫”为南宋建筑群，“新王宫”为明代建筑群。

　　2001年，海龙囤正式成为国家级文物保护单位。今年3月，为了“申遗”文本的制作，贵州省文物考古研究所派员对此前曾进行过试掘的“新王宫”龙位坪、水牢等进行了小规模清理，以获取准确的考古实测图。

　　2012年启动世界文化遗产的申报工作，并成功列入国家文物局《世界文化遗产预备名单》，相关考古发现为海龙囤申报世界文化遗产提供重要考古材料佐证。